• LibRillo Biologico
  • Prólogo
    • Estructura del libro
    • Convenciones generales del libro
    • Dedicacion
    • Agradecimientos
  • Sobre el autor
  • 1 Una breve introduccion a R
    • 1.1 R y RStudio
      • 1.1.1 Instalando R y RStudio
    • 1.2 Primeros pinitos en R
      • 1.2.1 Exportar datos
    • 1.3 R un poco mas avanzado…
      • 1.3.1 for loops
      • 1.3.2 Vectorizando
      • 1.3.3 Funciones de la familia *apply
      • 1.3.4 data.table
      • 1.3.5 El tidyverso
      • 1.3.6 dplyr
  • 2 Paginas web con GitHub, RStudio, y R
    • 2.1 Jekyll
    • 2.2 Hugo
  • 3 Usando GitHub, RStudio, y R
    • 3.1 Git
    • 3.2 GitHub
    • 3.3 GitHub vs git
    • 3.4 RStudio e integracion con GitHub
  • 4 Regresiones lineales
  • 5 Regresiones mas avanzadas
    • 5.1 Regresiones Bayesianas
  • 6 Ecologia basica
    • 6.1 Indices de diversidad
    • 6.2 Curvas de acumulacion
    • 6.3 Rarefaccion
    • 6.4 Usando datos del gbif
    • 6.5 Modelos de distribucion
  • 7 Filogenetica basica en R
    • 7.1 Descargar secuencias de GenBank
    • 7.2 Usar secuencias existentes
    • 7.3 Alinear secuencias
    • 7.4 Visualizar alineamientos
    • 7.5 Correr arboles filogeneticos
    • 7.6 IPS
    • 7.7 Exportar datos desde R
  • 8 Macroevolucion basica en R
    • 8.1 Regresiones filogeneticas
    • 8.2 Estimaciones de señal filogenetica
    • 8.3 Modelos SSE
  • 9 Web scraping con R
  • 10 Machine learning con R
    • 10.1 Keras en R
    • 10.2 Tensorflow en R
    • 10.3 Spark R
  • 11 Data Mining con R
  • 12 Tests estadisticos
  • 13 Estadistica descriptiva en R
  • 14 Libros, paquetes, apps en R
    • 14.1 Libros en R
    • 14.2 Paquetes en R
    • 14.3 Shiny apps en R
  • 15 Introduccion a RMarkdown
  • 16 Autocalificar tareas en R
    • 16.1 SHA
    • 16.2 Objetos invisibles en el espacio de trabajo
  • 17 Graficos en R
    • 17.1 Graficando con R base
    • 17.2 Graficando con ggplot2 en R
  • 18 Macroevolucion basica en R
    • 18.1 Regresiones filogeneticas
    • 18.2 Estimaciones de señal filogenetica
    • 18.3 Modelos SSE
  • 19 Manipulando datos en R
  • 20 Bases de datos en R
    • 20.1 SQL
  • 21 Organizando proyectos reproducibles
    • 21.1 RStudio projects
    • 21.2 GitHub repo
  • 22 Mejores Practicas R
  • 23 Como pedir ayuda de forma eficiente?
    • 23.1 Ejemplos reproducibles
    • 23.2 Fuentes potenciales
  • 24 Como hacer mapas en R
    • 24.1 Base R
    • 24.2 ggplot
  • 25 Simulando datos
  • 26 Reportes reproducibles
  • 27 Recursos adicionales
  • Publicado usando bookdown

LibRillo de R y Biologia

LibRillo de R y Biologia

Cristian Román Palacios

2023-03-20

Prólogo

Este libro es una compilacion para consulta rapida sobre diferentes aspectos que combinan el uso de R con diferentes temas de biologia. El LibRillo de R y Biologia pretende servir de referencia sobre temas particulares, enfocando capitulos sobre objetivos especificos y desarrollando brevemente el contenido principalmente alrededor de un parquete en R. Este librillo cubre temas que engloban desde lo mas fundamental en R asi como aplicaciones que combinan R, git, GitHub, entre otros.